С момента основания в 2009 году поддержкой команды занимался известный меценат и организатор киберспортивных турниров Мурат Жумашевич («Арбалет»). В октябре 2011 года закончилась его договорённость с членами организации, после чего руководство и развитие Natus Vincere стало осуществляться собственными силами.
Генеральным директором организации являлся Александр «ZeroGravity» Кохановский.
Летом 2016-го года киберспортивный клуб Natus Vincere заключил сделку с российским холдингом ESforce Holding Ltd (ранее известным как Virtus.pro Group). Сумма сделки составила около $10 млн, а предмет — продажа долей в активах, а также медиаправ клуба Na’Vi.
25 января 2017 года Natus Vincere сообщает о смене генерального директора. Александр «ZeroGravity» Кохановский покидает должность и теперь займет место в учреждённом совете директоров. Позицию генерального директора займет Евгений Золотарёв.
В конце ноября 2017 года, киберспортивный клуб Natus Vincere и российский холдинг ESforce Holding Ltd (ранее известный как Virtus.pro Group) объявили о прекращении сотрудничества. По соглашению сторон, медиа- и рекламные права, касающиеся Natus Vincere, возвращаются к Zero Gravity Group, которую возглавляет Александр Кохановский.